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在過去的50年內所完成的研究顯示，益生菌中的乳酸桿菌功能，包括：(1) 增進食品營養(2) 促進合成維生素及酵素產生(3) 掃除腸內病菌，(4) 促進腸胃蠕動(5) 增強免疫力…等，當然其中又因菌種不同而功效各異。此外，益生菌是一種安全而且有效的成份，更重要的是，益生菌本來就存在於人體腸道，因此，也是一種天然、無人體排斥性的輔助健康法。

俄籍科學家梅契可夫（Eli Metchnikoff），最早觀察到益生菌具有健康作用，並因此獲得1900年諾貝爾獎。梅契可夫於1907年表示，「腸道微生物對食物的依賴，使得人體得以調整體內的菌叢，提高有益的微生物來取代有害微生物。」
因此提高腸道益生菌數量，是保健腸道最便捷的方法，藉由食用含有活性的益生菌（probiotics）食品或營養補充品，能有效幫助腸道恢復菌叢的健康平衡。

益生菌可藉著競爭必要營養素、附著於消化道黏膜上皮細胞，直接防止有害病原體繁殖，並產生抑制物質如:短鏈脂肪酸、建立一個不利有害病原菌生長的內環境。這些由益生菌產生的化合物，不但可以減少具存活力的有害病原菌數量，更能對細菌的代謝和毒素產生發揮抑制作用( Mackie T. 1999)

70%的人體免疫系統存在於消化道內，透過消化道黏膜的保護，能把體內內部環境安全與外界隔離。Isolauri E.於2001年提出腸道淋巴組織的產生和腸道免疫調節，取決於腸道菌叢的平衡建立。同時也證實，許多益生菌都能促成免疫調節，如:平衡炎症性物質、常態化黏膜功能，及保持正常腸道穿透性。而腸道益生菌的減少，造成各種免疫失調的狀況更不在話下，包括:食物過敏、過敏性濕疹，及其他過敏性腸道疾病，如:過敏性腸躁症（IBS）、腹瀉、便秘、旅行者腹瀉、胃腸氣脹、腹氣、腹痛和慢性腸炎。

根據FAO和WHO最新統計，每年約有30%的人口曾因食物污染引起腹瀉，即使在已開發國家亦不例外。然而透過體外實驗、動物實驗均顯示，益生菌可以有效抑制多種腸病原的生長和附著，而針對抗生素治療所引起的腸道菌叢失衡和腸內病原增生，益生菌已經證實能有效改善腸道菌叢平衡，減輕病人腹瀉現象。

健康婦女之泌尿生殖菌叢包含50種以上微生物。這些微生物的組成因婦女不同的生殖時期、外在因素（包括抗生素和殺精子梟）而有所不同。尿道感染的情形很普遍，全世界每年有三億件以上尿道感染、陰道炎的案例。而益生菌的某些特性（黏膜附著能力、抑制物質的產生），提供了人體非常重要的保護功能，並能恢復健康泌尿生殖菌叢。